Kahve tüketimi çoğu kişinin sindirim sistemini etkilemezken, hassas olanlarda gaz, şişkinlik ve kabız gibi çeşitli rahatsızlıkları ortaya çıkartabiliyor. Özellikle mide ve bağırsak sorunu yaşayanlarda kahvenin gaz yapması çok yüksek ihtimaldir.
Kahve tüketiminin yoğunlaşmasındaki en önemli etken içeriğindeki zengin kafein oranıdır. Kafeinin beyin fonksiyonlarını uyaran bir özelliği vardır. Ayrıca mide asiti üretimi konusunda da oldukça aktiftir. Bu da ülser hastalarının bağırsak ve midede problem yaşamasına sebep oluyor.
Sindirim sorunu bir şeyler yiyip içildikten sonra midemizde oluşan gaz ve şişkinliktir. Amerikan Gastroenteroloji Üniversitesi hazımsızlığın yaşanmaması için kahve, alkol ve gazlı içecekleri az tüketmeyi öneriyor.
Minneapolis Üniversitesi Gastroenterolog Profesörü Dr. Roger Gebhard, kahvedeki kafein tarafından sindirim sistemine uyarı verildiğini bununda bağırsak spazmı ile gaz ve şişkinlik gibi sorunlara neden olduğunu söylüyor.
2006'da Critical Reviews in Food Science and Nutrition (Gıda Bilimi ve Beslenme Üzerine Eleştirel Yorumlar" adlı dergide yer alan bir makale, kahvenin içinde yüksek oranda klorojenik asidi bulunduğu bilgisi verildi. Asit oranı zengin olan tüm yiyecek içeceklerse midemizin asit dengesini bozarak sindirim sistemimize zarar verir.