2 Ekim 2018 tarihinde İstanbul'da evlilik ile ilgili belgeleri teslim almak ve onaylatmak için gittiği Suudi Arabistan Başkonsolosluğu'ndan sonra bir daha Cemal Kaşıkçı'dan haber alınamadı. Nişanlısı olan Hatice Cengiz onu dışarıda bekliyordu. Fakat konsolosluk kapanmasına rağmen içeriden çıkmayan ve haber alınamayan Cemal Kaşıkçı nişanlısı Hatice Cengiz'i tedirgin etti. Bunun üzerine Hatice Cengiz polise giderek kayıp şikayetinde bulundu. Ertesi gün Suudi Arabistan Başkonsolosluğu'ndaki yetkili kişiler Kaşıkçı'nın en son konsolosluktan çıktığını ve içeride olmadığını belirtti. Cemal Kaşıkçı'nın konsolosluğu terk ederken görüntülendiği kamera kayıtlarının talep edilmesine karşın Suudi yetkililer, güvenlik kameralarının çalışmadğını söyledi.
Bu olayın ardından büyük ülkeler de devreye girdi. Almanya, Fransa ve Birleşik Krallık'ın dış işleri bakanları ortak bir açıklamada bulunarak, bu dava ile ilgili ciddiyetin arttırılmasını, olayın aydınlatılmasını ve geniş çaplı bir soruşturma oluşturulmasını talep etti.
15 Ekim 2018 tarihinde Suudi Arabistan, konsolosluğa girerek araştırma yapılmasına izin verdi. Türk görevli ve yetkililer konsolosluğa akşam 7 sularında girerek geniş çaplı bir araştırma ve incelemede bulundu. 9 saat süren araştırma sonucunda, Amerika Birleşik Devletleri merkezli olan 'Associated Press' isimli haber ajansı, Kaşıkçı'nın içeride öldürüldüğüne dair kanıtların bulunduğu iddialarına haberinde yer verdi. 20 Ekim 2018 tarihinde yani kaybolmasının ardından 18 gün geçtikten sonra Suudi Arabistan'ın resmi haber ajansı 'içeride yaşanan arbede sonucunda Kaşıkçı'nın hayatını kaybettiğini' belirtti. Bu olayın ardından prens Muhammed Bin Selman'ın danışmanı Suud El-Kahtani ve Suudi Arabistan'ın genel istihbarat başkan yardımcısı olan Ahmed El-Asiri'nin görevlerine son verildiği bildirildi. 18 Suudi Arabistan vatandaşı ile ilgili de soruşturma başlatıldı.
Kaşıkçı cinayetinde atılan iddialar!
Gazeteci ve yazar Cemal Kaşıkçı 18 Eylül 2017 tarihinde ülkesi Suudi Arabistan'dan kaçmış ve sonrasında hem ülkesi ile ilgili hem de Suudi Arabistan prensi Muhammed Bin Selam ile ilgili eleştiri içerikli yazılar ve haberler yazmaya başladı. Yazdığı yazılar ve yaptığı eleştiriler sonucunda Kaşıkçı'nın konsolosluğa girdikten sonra gözaltına alındığı ve cinayete kurban gittiği iddiaları ortaya atıldı. Suudi Arabistan'ın haber ajanslarına göre ise konsoloslukta yaşanan arbede sonucunda vefat ettiği iddia edilmişti.