Boğazdan geçen gemilerin taşıdığı yüklerin ciddi bir kısmı zararlı ve tehlikelidir. Gemilerin ortalama yüzde 20’si tehlikeli yük taşımaktadır. Tehlikeli yük miktarı ise, senede ortalama 130 milyon tondur. Bu miktar, BTC (Bakü-Tiflis-Ceyhan) boru hattı kapasitesinden iki kat fazla (senede 60 milyon ton BTC/130 milyon ton İstanbul Boğazı) kimyasal taşınması anlamına gelmektedir.
Dolasıyla, İstanbul Boğazı'ndan geçen gemiler herhangi bir kaza söz konusu olduğunda ciddi boyutlarda zarara yol açmaktadır.
14 Aralık 1960 'da benzin yüklü Yugoslav tankeri ile Yunan tankeri çarpışması 20 can kaybı.
21 Nisan 1979'da Romanya bayraklı tanker Independenta ve Yunan bayraklı kuru yük gemisi Evriyali çarpıştı.
17 Ağustos 2016'da Karadeniz’den gelen kuru yük gemisi, sahil güvenlik botu ile Sarayburnu açıklarında çarpıştı.
7 Nisan 2018'de 225 m uzunluğundaki dökme yük gemisi, Anadolu Hisarındaki Hekimbaşı Salih Efendi yalısına çarpıştı.
