İlerleyen yaşına rağmen saha içerisinde göstermiş olduğu performansla göz dolduran Felipe Melo, sezon sonunda Palmeiras kulübü ile sona erecek olan sözleşmesini halen uzatmamış durumdayken hiç beklemediği bir teklif aldı.
Arjantin Ligi'nin dev ekiplerinden biri olan Boca Juniors'tan 2 yıllık bir sözleşem teklifi alan Felipe Melo'ya Boca Juniors'tan yıllık ücretinde biraz indirime gitmesi isteğinde bulunuldu.
Brezilyalı oyuncunun kariyerinin son döneminde böyle bir maceraya sıcak baktığı öğrenilirken Boca Juniors ile Felipe Melo arasındaki anlaşmada bir sorun yaşanmayacağı öğrenildi.
Futbolculuk kariyerine ülkesi Brezilya'da başlayan Felipe Melo, Flamengo alt yapısından yetiştikten sonra A takıma kadar yükselmişti. 2002-2003 yılında A takımdaki ilk sezonunu tamamlamasının ardıdnan Cruzeiro'ya transferini gerçekleştiren Felipe Melo sonrasında ülkesi Brezilya'ta bir yolculuk daha yaparak Gremio takımına transfer olmuştu.
Brezilya'dan ayrılışı 2005-2006 sezonunda gerçekleşen Felipe Melo, İspanyol ekibi Mallorca'ya transfer olmuştu. Mallorca'da göstermiş olduğu performans ile göz dolduran Brezilyalı futbolcu Melo, bu sezonun sonunda ilk kez bir bonservis ücerti ödenerek 2 milyon euroluk bonservis ücreti ile birlikte İspanyol ekibi Racing Santander'e transfer olmuştu.
2007-2008 sezonunda Racing'den Almeira'ya 1.8 milyon euroluk bonservis ücreti ile transfer olan Felipe Melo, kariyerindeki en büyük çıkışlarından birisini de bu kulüpte gerçekleştirdi. 2008-2009 sezonunda İtalya Serie A ekiplerinden Fiorentina'ya tam tamına 8 milyon euroya transfer olan Felipe Melo, Fiorentina kariyerinde ise en iyi futbollarından birini oynayan Melo değerini katlayarak 25 milyon eurlouk bonservis ücreti ile birlikte İtalyan devi Juventus'a transferini gerçekleştirmişti. Juventus'ta özellikle agresif oyunu ve gördüğü kartlar nedeniyle eleştiri oklarının hedefi haline gelen Felipe Melo, 2011-2012 seoznunda 1.5 milyon euroluk kiralama bedeli ile birlikte Spor Toto Süper Lig ekiplerinden Galatasaray kadrosuna katılmıştı. Galatasaray'da adeta kendini tekrardan bulan Felipe Melo, oyunu ile büyük bir değer katarak Galatasaray başarısında önemli bir pay sahibi olmuştu. 2013-2014 sezonuna kadar Galatasaray'a kiralık olarak transferini devam ettiren Galatasaray, sonrasında 3.75 milyon euroluk bonservis ücreti ile birlikte sarı kırmızılı takıma katılmıştı.
Galatasaray kariyeri boyunca adeta bir kupa canavarına dönüşen Felipe Melo, 3 tane Süper Lig şampiyonluğu, 2 Türkiye Kupası ve 2 Süper Kupa şampiyonluğu kazanmıştı.
Galatasaray'dan 2015-2016 sezonunda İtalyan ekibi Inter'e transferini gerçekleştiren Felipe Melo, 4.2 milyon euroluk bir bonservis ücretini sarı kırmızılılara kazandırmıştı.
2016-2017 sezonunda kariyerinde pekde istediği gibi gitmeyen Inter macerasını sonlandıran Felipe Melo, ilk önce kiralık olarak katıldığı Brezilya ekibi Palmeiras kadrosuna sonrasında bonservis ücreti ile birlikte dahil olmuştu.