Hem kız hem de erkek çocuklarının toplamının 100 veya 130 olduğu konuşulmaktadır. Diğer bütün padişahları geçerek neslini fazlasıyla yaymayı başarmıştır. III. Murat'ın hem harem içinde hem de harem dışında olan ilişkileriyle bilinen bir padişahtır. Hatta öldükten sonra bile gebe olan kadınlar bulunmaktadır.
3. MURAT ERKEK ÇOCUKLARI
3. Mehmet, Osmanlı Devleti'nde 19 kardeşini öldürerek tahta geçen ilk padişah olması sebebiyle bilinmektedir. Tarihte en zorlu ve kadınlı olaylardan biri olarak tarih kitaplarında yerini almıştır. Osmanlı'da Estergon Savaşı yapılırken tahta geçen III. Mehmet bu savaşa daha fazla direnememiştir. Savaşın kaybedilmesine sebep olduğunu söyleyebiliriz.
Şehzade Yahya ise III. Murat'ın başka bir oğludur. Annesi Trabzon'da hükümdarlık süren Komninos Hanedanı'nın bir üyesidir. Abisinin 19 kardeşini öldürtmesi üzerine annesi tarafından saraydan kaçırılarak bu kanlı olaydan uzaklaştırılmıştır. Şehzade Hasan, Sultan Mahmut, Osman, Hüseyin, Alemşah Yakup, Ali, Yusuf yüz otuz erkek çocuğundan bir kısmının isimleridir.
3. MURAT KIZ ÇOCUKLARI
Padişahın en sevdiği kızlarından biri olan Ayşe Sultan ilk kız çocuğudur. Ayşe Sultan'ın annesi ise padişahın bir dönem yoğun aşk yaşadığı ve sevdiği Haseki Safiye Sultan'dan olan kız evladıdır. Osmanlı Devleti'nin bilinen isimlerinden Damat İbrahim Paşa, Hasan ve Mahmut Paşa'nın zevcesi olarak dikkat çekmektedir. Osmanlı'da III. Murat'ın tanınan kızlarından biri olan Fahriye Sultan Çuhadar Ahmet Paşa ile evlenmiştir. Ancak ölmesiyle beraber Sofu Bayram Paşa ile evlendi. Bu eşinin de ölmesiyle daha fazla evlenmeyerek hayatına dul bir şekilde devam etmiştir.
Fahriye Sultan'ın annesinin kim olduğu hakkında bilgi bulunmamaktadır. Fatma Sultan ise Safiye Sultan'dan olan ikinci kızıdır. III. Mehmet'in ablası olarak bilinmektedir. Babasının emriyle beraber dönemin kaptan-ı deryası olan Halil Paşa ile izdivaç yapmıştır. Eski Saray'da yapılan düğün faaliyetleri yedi gün boyunca devam etmiştir. Fatma Sultan'ın dillere destan düğününde yeni madeni paralar deste deste çevreye dağıtılmıştır.
Eşinin ölümünden sonra Hızır ve Cafer Paşa ile evlenerek hayatını bu şekilde sürdürmüştür. Kızlarından Amriye Sultan da önemli sultanlar arasında bulunmaktadır. III. Murat'ın yüz otuz civarında çocuğunun olması tarihe damgasını vuran olaylardan biridir. Her padişah sultanlarla beraber olmuştur ancak bu kadar çocuğun fazlalığı gerçekten dikkat çekicidir.
Hem saray içerisinde hem de saray dışında birçok kadınla ilişkisi olduğu bilinen 3. Murat, tarihte ikiz çocuğu olan nadir padişahlardan biridir. Ancak bazı çocukları hastalık sebebiyle vefat etmek zorunda kalmıştır. Bazıları taht kavgasında öldürülerek Osmanlı'da kanlı olayların yaşanmasına sebep olmuştur.