Kapadokya bölgesinin jeolojik oluşumu sayesinde inşa edilebilmiş sekiz katlı Derinkuyu Yeraltı Şehri, büyük bir topluluğu içinde barındırabilecek ve ihtiyaçlarını karşılayabilecek mekânlardan oluşuyor. Bölgede bulunan bir diğer yeraltı şehri Kaymaklı Yeraltı Şehri'nden farklı olarak Derinkuyu Yeraltı Şehri’nde bir misyonerler okulu, günah çıkartma yerleri, vaftiz havuzu ve ilgi çekici bir kuyu da bulunuyor.
Tarihte Derinkuyu'nun ilk yerlileri Asur kolonilerine kadar uzanıyor. II. yüzyılda Roma İmparatorluğu'nun zulmünden kaçan Hıristiyanlığa ilk geçmiş olan insanlar Antakya ve Kayseri üzerinden Kapadokya'ya gelerek buraya yerleşmişler ve saklanmışlar. Bölgedeki yeraltı şehirlerini kuran ilk Hıristiyan gruplar, girişleri kolayca fark edilemeyecek şekilde yapmış, bu şehirlerde saklanarak onları arayan Romalı askerlerin zulmünden kurtulabilmişlerdir. Yeraltı şehirlerinde uzun süre dışarı çıkmadan hayatlarını sürdürmek zorunda kalacakları için erzak depoları, havalandırma bacaları, kiliseler, manastırlar, su kuyuları, şarap imalathaneleri, tuvaletler ve toplantı odaları yaparak alanlarını genişletmişler. Birbirine bağlı odalardan oluşan bu şehirlerde bazı odalar sadece bir insanın geçebileceği kadar dar tünellerle birbirine bağlanıyor. Tünellerin giriş çıkışlarında da güvenlik sebebiyle tüneli kapatmak için kullanılan büyük taş silindirler bulunmakta